Software zur Simulation des Stoffwechsels
Netzwerke
Foto: Jan-Peter Kasper (Universität Jena)
Die unten aufgeführte Software ist für akademische Nutzer und für Testzwecke frei verfügbar.
Bei einer geplanten kommerziellen Nutzung wenden Sie sich bitte an uns wegen eines Nutzungsvertrages.
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Programm |
Beschreibung |
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| METATOOL 5.1Externer Link |
Programm zur Berechnung der Nullraummatrizen, Elementarmoden und anderen strukturellen Eigenschaften von biochemischen Reaktionsnetzwerken. Octave- und Matlabversion verfügbar. |
| Vorgängerversion 5.0Externer Link METATOOL 4.xExterner Link |
Programm zur Berechnung der Nullraummatrizen, Elementarmoden und anderen strukturellen Eigenschaften von biochemischen Reaktionsnetzwerken. Einzelplatzversion |
| BlockDiagExterner Link |
Programm zur Berechnung und Blockdiagonalisierung der Nullraummatrizen zu stöchiometrischen Matrizen von chemischen Reaktionsnetzwerken. |
| OptiModeExterner Link |
Programm zur Bestimmung von Elementarmoden mit der höchsten molaren Ausbeute für ein spezifisches Substrat-Produkt-Paar in der Ausgabedatei von METATOOL. |
| SeparatorExterner Link |
Programm zur Zerlegung von grossen biochemischen Netzwerken in kleinere Netzwerke. |
| Reducing the number of modesExterner Link |
Ein Programm zur Berechnung von Elementarmoden bei verschiedener Einteilung in externe und interne Metabolite und zur Berechnung der annähernden kleinsten Zahl von Modi. |
| NAD+ metabolismExterner Link |
Visualisierung von allen Elementarmoden mit Metatool 5.1. bei der Analyse des NAD+-Stoffwechselnetzwerks. Mehr Details dazu sind in der Publikation de FigueiredoExterner Link et al.2011Externer Link zu finden. |